O aeroporto de Congonhas foi inaugurado em 1936, e é o segundo aeroporto mais movimentado do Brasil. Com aproximadamente 1,5 km2, é considerado o aeroporto executivo do País.

O nome do aeroporto é uma homenagem ao Visconde de Congonhas do Campo, Lucas Antônio Monteiro de Barros (1823-1851), primeiro governante da Província de São Paulo após a Independência do Brasil (1822). Congonhas é o nome de um tipo de erva-mate muito comum em Minas Gerais, na região onde se situa Congonhas do Campo, cidade natal de Monteiro de Barros.

A área onde Congonhas está localizado foi escolhida por suas condições naturais: visibilidade, drenagem e terreno desocupado e plano, que permitiria a construção de quatro pistas. A escolha do local também tinha como objetivo evitar as enchentes do Rio Tietê, que inundavam o Campo de Marte. Além disso, naquela época, estava bastante distante do centro urbano.

No final dos anos 1940 teve início a obra das três pistas previstas no novo projeto do aeroporto, mas apenas a pista principal foi concluída, porque estudos técnicos mostraram ser suficiente para atender às especificações aeroportuárias norte-americanas do Civil Aviation Authority (CAA), uma das mais modernas para a época. A pista foi terminada no final de 1950, mas enquanto estava em obras, outra, provisória, foi construída. Anos mais tarde ela se tornou a segunda pista paralela, mantida até hoje.

Em 1954 foi inaugurado o Pavilhão de Autoridades, para embarque e desembarque de autoridades. Este pavilhão conserva até hoje vários elementos artísticos, como o mural do artista Di Cavalcante.

No ano seguinte foram concluídas as pistas, o pátio de manobras, as taxiways, as ligações entre as pistas 1 e 2 e as três ligações entre o pátio e a pista 1, pátio de espera nas cabeceiras 16-34, as taxiways dos hangares, a pavimentação das ruas, o estacionamento, a praça, as calçadas e a iluminação externa.

Desde 1957, Congonhas já era o terceiro aeroporto do mundo em volume de carga aérea. Por isso, nessa época começaram os estudos para a implantação de um novo aeroporto em São Paulo e alterações no Terminal de Passageiros de Congonhas. Desses estudos surgiram o Aeroporto de Viracopos, em Campinas, e foi iniciada a ampliação da Ala Norte do aeroporto paulistano, para abrigar o embarque e o desembarque internacional, e a reforma da pista principal.

O projeto de ampliação já tinha sido estudado anteriormente, em 1955, mas no ano seguinte o chefe do setor de arquitetura do Departamento Aeroviário do Estado de São Paulo (Daesp), desaconselhou a adoção dessa proposta, sugerindo outra que foi desenvolvida pelo escritório do arquiteto Jacques Pilon e executado pela Congel Construções Gerais Ltda. A ampliação, concluída no início de 1959, teve o orçamento bastante generoso.

Outras modificações ocorreram na década de 1960 no aeroporto, de forma geral, fora do terminal. Em 1968, com a finalidade de dar diretrizes para a implantação da nova infraestrutura aeroportuária para a aviação comercial, foi criada a Comissão Coordenadora do Projeto Aeroporto Internacional (CCPAI), pelo Ministério da Aeronáutica. Isso viabilizou a promoção de melhorias, principalmente na ala internacional do Terminal de Passageiros. Entre elas, a que marcou o cenário de Congonhas, a troca de piso em granilite da ala internacional por quadrados em placa de granito preto e mármore branco. Esse piso, existente até hoje, se incorporou ao prédio de tal forma que ficou na memória da população, tornando-se a identidade visual do aeroporto.

Em Congonhas, em 1970, eram realizadas 350 operações de vôo diariamente, envolvendo 1500 carros no pátio, 12000 passageiros e 25000 acompanhantes. O resultado era um total congestionamento, que exigiu novas ampliações. Em 1970, começou uma grande obra de ampliação na ala internacional do Terminal de Passageiros, com a mesma configuração daquela realizada em 1957/58. Também foi realizada uma ampliação para abrigar o novo portão de embarque e a liberação de bagagem na ala internacional.

Em 1977, teve início a construção do edifício de desembarque de bagagens da ala nacional, como complemento do prédio da ponte aérea. Com o levantamento realizado pela Terrafoto foi possível obter o registro topográfico e a análise das escrituras da área do aeroporto. Esse trabalho fazia parte do arrolamento dos bens móveis, imóveis, instalações e equipamentos que, por força do Artigo 2, da Portaria 534/GM5, de 25 de maio de 1977, do Ministério da Aeronáutica, dizia que Congonhas deveria passar para a responsabilidade e guarda da Infraero.

Assim, em 1981, a administração do Aeroporto passou a ser responsabilidade da Infraero. Desde então, ampliações e reformas foram feitas, tanto no terminal de passageiros como nas pistas e pátios, para elevar a eficiência operacional do aeroporto.

Em 1982, houve a construção do terminal rodoviário para atender ao embarque de passageiros, via ônibus, para o Aeroporto de Cumbica. As reformas deram novos contornos à edificação, aumentando o espaço físico e proporcionando maior conforto e segurança aos usuários.

Em 1990, Congonhas tornou-se o aeroporto mais movimentado do país. Desde então, o fluxo de passageiros e aeronaves cresceu sistematicamente, o que tornou necessário reformá-lo para atender ao aumento da demanda.

Em 1993 foi executado projeto de programação visual, que incluiu a colocação de painéis informativos, nos quais aparecem as testeiras nos balcões.

Em 2000, houve a retomada das obras do edifício-garagem, com a participação do poder público municipal, que, em dezembro de 2003, aprovou o projeto, com alvará de aprovação e execução de construção nova, publicado em julho e emitido em agosto de 2004.

O edifício-garagem, inaugurado em dezembro de 2005, tem 60 mil metros quadrados, cinco pavimentos, três deles subterrâneos, e capacidade para 2550 vagas cobertas e 800 descobertas, um total de 3350, contra as antigas 1200, todas em área descoberta. Outro projeto importante foi a adequação e a reforma do Terminal de Passageiros. O projeto contemplou a construção de um conector com 12 pontes de embarque para atender às novas áreas de embarque e desembarque. Esse projeto adapta Congonhas aos níveis de conforto e funcionalidade exigidos pelo fluxo atual, da ordem de 14 milhões de passageiros anuais.

As salas de embarque, no mezanino, são servidas por escadas rolantes, elevadores, banheiros, áreas comerciais e salas vip. Já no térreo foi instalada uma grande sala de embarque remoto e uma interligação do desembarque com a sala de bagagens e o prédio histórico.

Em 2008 a ANAC retirou a determinação de "Internacional", e o Aeroporto passou a operar somente com voos domésticos.

Hoje, são em média 537 movimentações por dia, e a cada semestre, Congonhas recebe cerca de 7 milhões de pessoas.