Construído na década de 50 para atender basicamente ao Centro Técnico Aeroespacial (CTA), o Aeroporto de São José dos Campos possuía originalmente pista de terra. Nos anos 70, com a criação da Embraer, a pista foi asfaltada e ampliada para 3.000 m de comprimento. Atualmente, a pista é adequada também para pousos por instrumentos.

A infraestrutura do aeroporto é compartilhada pela Aviação Civil, pela Embraer, pelo Centro Tecnológico da Aeronáutica (CTA) e pelo aeroclube local, o que é importante para a realização de voos de ensaio e de produção de novas aeronaves.

O aeroporto está habilitado pelo Comando da Aeronáutica para a realização de voos cargueiros internacionais desde março de 2000, mas não está habilitado ao tráfego internacional de passageiros.

Encontra-se em tramitação o processo de zoneamento civil/militar, delimitando o terreno para a implantação da nova área terminal, para os lados da Rodovia dos Tamoios. Em seguida será elaborado o Plano Diretor do Aeroporto, os projetos executivos e as obras de implantação da nova plataforma aeroportuária.

Administrado pela Infraero desde junho de 1996, o terminal de passageiros do aeroporto de São José dos Campos conta atualmente com serviço de lanchonete, táxi especial, locadora de veículos telefones públicos, e nele operam a TRIP e a TEAM.  

O tráfego de passageiros é caracterizado predominantemente por viagens de negócios nos dias úteis, sendo importante a ligação de São José dos Campos com o Rio de Janeiro.

O aeroporto também é utilizado por pessoas que pretendem acessar a estância turística de Campos de Jordão (que não possui aeroporto), e cidades do litoral (Ilhabela, Caraguatatuba, Ubatuba e Parati).  

O aeroporto de São José dos Campos apresenta duas vocações distintas: a cargueira, visando atender ao grande número de indústrias da região denominada Cone Leste Paulista, e a de portal turístico desse mesmo Cone Leste, mais especificamente das cidades da Serra da Mantiqueira, de Aparecida do Norte e do belíssimo litoral paulista, a "Riviera Brasileira".

O tratamento das cargas, bem como a tarifação de armazenagem e de capatazia, é similar ao existente nos demais terminais de carga da empresa, com descontos, buscando sempre reduzir custos e agilizar o processo de liberação, fator importante para as indústrias locais.