O traçado da pista do aeroporto é o mesmo da época da 2ª Guerra Mundial, quando ele era a Base Aérea Afonso Pena. Em 1946, a aviação civil passou a operar na base com voos regionais e internacionais, sendo construída uma estação de passageiros utilizada até 1959, quando foi inaugurada nova estação de passageiros.

Em 1974, a Infraero assumiu o aeroporto e, em 1977, foi concluída a ampliação do terminal de passageiros. Em 1996, com a construção do novo aeroporto, ele passa a ser internacional. As pistas têm 2.215m x 45m e 1.800m x 45m, e dispõe de 14 posições para estacionamento de aeronaves. O estacionamento de veículos do aeroporto possui 688 vagas não cobertas.

O Aeroporto Internacional Afonso Pena está localizado a 18 km do centro da cidade de Curitiba.