O terminal de passageiros do Aeroporto Internacional de Fortaleza é totalmente climatizado e dividido em quatro pisos. No subsolo, encontra-se o estacionamento de veículos com capacidade para 848 vagas e ponto de ônibus urbano comum que serve regularmente ao aeroporto.

No primeiro piso estão 31 balcões de check-in, as lojas das companhias aéreas, locadoras de automóveis, informações turísticas, Juizado de Menores, Balcão de Informações, desembarque de passageiros e o acesso aos dois postos de táxis.

No segundo piso estão os estabelecimentos comerciais, Anac, Anvisa, Ministério da Agricultura,  praça de alimentação e as salas de embarque doméstico e internacional. No último andar fica o Mirante - de onde se descortina uma visão do pátio de manobras e da cidade de Fortaleza.

O pátio de manobras tem 152.857 metros quadrados e permite acomodar simultaneamente 14 aeronaves em posições pré-estabelecidas.

Operam regularmente em Fortaleza as companhias aéreas Transportes Aéreos Cabo Verde (TACV), GOL, Ocean Air, AZUL, TAM, Varig, Webjet e TAP. O Aeroporto recebe com frequência voos fretados nacionais e internacionais.

Segundo os projetistas, o terminal de passageiros, inaugurado em 1998, terá uma vida útil de no mínimo 50 anos. O antigo terminal de passageiros, denominado Terminal de Aviação Geral, é hoje utilizado para aviação geral e pela Seção Contra Incêndio. Ao seu lado está a Torre de Controle.