O Aeroporto Internacional de Pelotas tem sua história ligada ao pioneirismo da aviação comercial. Ele serviu como pouso intermediário e primeira escala, ainda nos anos 20, do século passado, dos vôos da recém-criada Viação Aérea Riograndense.

Durante muitos anos, foi através dele que as populações da região da fronteira uruguaia embarcavam para chegar a Porto Alegre, distante pouco menos de 300 quilômetros. Naquele tempo, em aeronaves movidas a motor de pistão, o percurso demorava mais de uma hora.

Pelotas é hoje a principal porta para as aeronaves da FAB - Força Aérea Brasileira - que demandam a base brasileira da Antártida. Possui também voos regulares com a empresa  aérea NHT Linhas Aérea Ltda,com destino a Porto Alegre e Rio Grande. Mantento seu status de internacionalização, é freqüentado também por aeronaves da aviação executiva e agrícola.