O atual aeroporto de Pelotas surgiu como uma pequena estação de passageiros em 1930. Foi construído e intitulado como Aeroporto de Pelotas em 1935, pelo Departamento de Aviação Civil ¿ DAC.

A história da aviação agrícola iniciou em Pelotas, com a realização do primeiro deste tipo, em um avião biplano M-9 fabricado no Brasil, que decolou do Aeroclube de Pelotas para combater uma praga de insetos.

O vôo pioneiro da Varig foi realizado em 08 de maio de 1927, com a linha Porto Alegre/Pelotas/Rio Grande. Além de atender a Varig, o aeroporto de Pelotas também estava na rota do primeiro vôo da Rio Sul, em 1976.

Em 26 de outubro de 1980, o V Comando Aéreo Regional ¿ V COMAR passou o aeroporto à jurisdição da Infraero.

O aeroporto, que já foi chamado folclóricamente de ¿Bartolomeu de Gusmão¿, conta com uma excelente posição geográfica e dispõe de equipamentos de comunicação e auxílio à navegação aérea, balizamento noturno e duas pistas para decolagem.

Em 1997 o aeroporto recebeu um investimento de um milhão de reais e foi totalmente reformado pela MGM Empresa Construtora. Com a ampliação, a área do terminal de passageiros foi duplicada e completamente modernizada, tendo sido inaugurado em 1998.

Em janeiro de 2001, o Gov. Olívio Dutra referendou a internacionalização do Aeroporto de Pelotas, sendo que o primeiro vôo internacional foi realizado pelo Frigorífico Miramar. Hoje o aeroporto esta inserido no acordo da Aviação Sub-Regional para o Mercosul, assinado pelo Brasil, Argentina, Bolívia, Chile, Paraguai e Uruguai.